中心各部門機構介紹：

　　（1）辦公室：負責辦理中心的日常黨政事務、财務報銷、研究生管理及行業工作與培訓工作。

　　（2）戰略研究中心：調研行業企業與産業發展，開展流體工程裝備産業或相關應用行業發展戰略和技術路線圖研究，為中心、省産業技術研究院和政府部門制訂發展規劃等提供支撐和服務。

　　（3）技術轉移辦中心：從事市場調研、項目對接、技術轉移、知識産權管理、相關産業的企業庫和技術需求庫建設等工作，負責江蘇省流體工程裝備産業技術創新戰略聯盟的日常工作。

　　（4）檢測中心（江蘇大學流體機械質量技術檢驗中心有限公司）：下轄機械工業排灌機械産品質量檢測中心（鎮江）和江蘇省質量技術監督泵類産品質量檢驗站，負責中心對外檢測、行業監督檢查、生産許可證發放和北京新華節水認證産品定點檢測、企業生産條件現場核查等工作。

　　（5）實驗室：負責中心的科研試驗、日常科研試驗預約登記及服務、設備管理等工作。

　　（6）流體機械研發部：主要從事各類流體機械現代設計方法、測試技術和裝備研發。

　　（7）新能源及環保研發部：中心配置資源并引導該部門主要從事太陽能、風能、海洋能等新能源的利用裝備研發，污水處理和環保裝備的研發。

　　（8）節水灌溉研發部：主要從事節水灌溉技術及裝備研發。

　　（9）泵系統研發部：中心配置資源并引導該部門主要從事泵系統的優化設計和節能運行研發。

　　（10）生物醫學研發部：主要從事心室流體力學、瓣葉組織力學、人工心髒泵等研究。

　　（11）工程技術部：主要從事流體機械、節水灌溉設備、泵站工程、環境保護工程、園林藝術工程等的制造、配套、施工、安裝、調試等工程項目。

　　（12）産業化基地：在水泵産業集中區分别建立泰州、合肥、鎮江基地，促進行業産品和技術的更新換代，着力推進科技成果的轉化和産業化，增強中心的工程化能力和行業輻射力。